En septiembre de 1941 una ley del Congreso legalizó estas medidas y días después, por decreto N° 103.316, se creaba la Flota Mercante del Estado como organismo autónomo, en la jurisdicción del Ministerio de Marina
La Marina Mercante española comprende el conjunto de buques de Compañías, que bajo la bandera nacional tienen su actividad en el transporte de mercancías y pasajeros, facilitando las importaciones y exportaciones con otros países del mundo.
En España, las competencias de organización, regulación, supervisión, registro de buques, etc. las ejerce la Dirección General de la Marina Mercante, dependiente del Ministerio de Transportes. La Administración Marítima española se completa con las Capitanías Marítimas y Distritos Marítimos como los órganos periféricos de la Administración Marítima española.
Dentro de la Marina Mercante podemos distinguir entre la de Navegación de Altura y la de Cabotaje. En el primer caso, se ocupa del transporte de carga y de pasajeros, desde un puerto nacional a otros extranjeros, en navegaciones de larga distancia, mediante barcos generalmente de gran tonelaje. En la actualidad, los buques destinados pasajeros están en su mayoría destinados a la realización de cruceros de placer y no tanto con el transporte propiamente dicho, que ha quedado casi restringido a la navegación de Cabotaje, sobre todo a los transbordadores (ferris y buques Ro-Ro) que transportan pasajeros que viajan con sus vehículos, en cortas y medias distancias. En España, la navegación de Cabotaje está dedicada al transporte de mercancías entre los puertos peninsulares y entre los archipiélagos canario y balear. La flota pesquera no se considera marina mercante
